Лечение хламидиоза в настоящее время сводится к использованию комплексного сочетания антибактериальной терапии, с включением современных препаратов последних поколений, проникающих через клеточную мембрану. В лечении хламидиоза применяются иммуномодуляторы, так как хламидии воздействуют на иммунную систему и угнетают её.  В каждом конкретном случае хламидиоза должна составляться индивидуальная схема лечения, которая будет учитывать характер хламидийной инфекции, чувствительность хламидий к антибиотикам (определяется на основании показателя посева на чувствительность к антибиотикам), наличие сопутствующих инфекций, тяжесть и длительность хламидиоза, его локализацию - какие органы поразила инфекция.

В лечении хламидий необходимо использование ферментных препаратов, протеолитических средств, адаптогенов, витаминов, гепатопротекторов, препаратов - пробиотиков, защищающих желудочно - кишечный тракт от развития дисбактериоза. Не последнюю роль в лечении хламидиоза играет и местное лечение в виде инстилляций лекарственных средств в мочеиспускательный канал, ванночек, клизм, ректальных свечей, вагинальных тампонов и суппозиториев.  Ферментные препараты назначаются с целью восстановления проницаемости мембран больных клеток, таким образом, в клетку поникает более высокие концентрации антибиотиков при меньших дозах их применения.

В лечении хламидий в последнее время в подавляющем большинстве случаев используются многочисленные физиотерапевтические воздействия: квантовая терапия, ультразвуковое воздействие, магнитное поле, инфракрасное излучение, токи переменной частоты, электрофорез, ионофорез лекарственных веществ.

Эфективность лечения хламидиоза зависит от пути введения лекарственных препаратов: внутривеннный и внутримышечные пути введения лекарств являются приоритетными, так как в этом случае повышается биодоступность препарата, и он максимально распределяется в клетках. Доза антибиотиков, использующихся для лечения хламидиоза, должна быть тщательно выверена, так как субтерапевтические дозы, а также некоторые группы лекарственных средств приводят к формированию форм хламидий, устойчивых к лечению и персистенции хламидий в организме.

Лечение хламидиоза, ассоциированного с гонореей , препаратами группы пенициллина может стать причиной рецидива хламидиоза или его бессимптомного носительства.
Хламидии часто сочетаются с другими ЗППП - сифилисом, гонореей, трихомониазом, микоплазмозом, уреаплазмозом, молочницей.
Сочетание хламидиоза с трихомониазом или гарднеллезом требует первоочередного лечения трихомониаза или гарднереллеза и только затем - хламидиоза. По окончании курса лечения хламидийчерез 20-25 дней проводятся контрольные анализы на хламидию.
При повторном обнаружении хламидий требуется дополнительный курс лечения хламидиоза. При отрицительном анализе на хламидиоз, контроль в последующем проводится 1 раз в месяц в течение 2 месяцев, у женщин - перед или во время менструации.

Хламидиоз считается излеченным при отсутствии клинических симптомов заболевания, морфологических изменений в области наружных и внутренних половых органов, стойкой нормализации лейкоцитарной реакции, наличию клинико-микробиологического излечения. Установление излеченности урогенитального хламидиоза следует проводить с учетом метода диагностики. Культуральное исследование, нельзя проводить ранее 14-20 дней после окончания антибиотикотерапии, чтобы не получить ложноотрицательный результат. Прямую иммунофлюоресценцию, ПЦР - (ДНК-анализ) нельзя выполнять ранее 3 - 4нед, чтобы не получить ложноположительных результатов из-за сохранения нежизнеспособных микроорганизмов или их остатков.

Чтобы предотвратить распространение хламидий, всех женщин перед родами и абортами проверяют на хламидиоз. Пары, собирающиеся планировать семью, должны в обязательном порядке обследоваться на скрытые инфекции, в том числе хламидийную. При обнаружении хламидий, лечение хламидиоза проводится обоим партнерам.

Если лечение хламидиоза начать сразу, в острой его форме, лечение обычно не бывает сложным и заканчивается, как правило, полным излечением. Если хламидиоз перешел в хроническую форму, либо постоянно рецидивирует, лечение этих форм достаточно сложное: хламидии успевают выработать "иммунитет" к стандартным методам лечения, и требуются дополнительные временные и материальные затраты на разработку успешной методики лечения этих форм хламидиозов.